کتاب آسیب شناسی دینی، با گواهی آوردن از دو شاهد یعنی عقل دین درونی و دین عقل بیرونی استدلال و استناد می کند که دین چیست و شبه دین چیست این اثر عهده دار نقد آسیبهایی است که دین را تهدید می کند؛ از جمله تعصب غلو ارتجاع جمود سبقت از دین مارقیگری ،قدرتگرایی عوامگرایی، اعتزال اجتماعی - سیاسی تشبه به غیر و ماتریالیسم اخلاقی.
موضوع آسیب شناسی دینی نقد بینش و منش و کنش دینداران است و معیارش دین و هدفش اصلاح. در اهمیت آن همین بس که اگر نادیده گرفته شود، خود دین به عنوان آسیب شناخته می‌شود. اما برای آسیب زدایی هیچ راهی کوتاهتر و مطمئنتر از گردن نهادن به حکومت عقل نیست. دین سالم در عقل سالم و جامعه عقلانی است. فرد یا جامعه ای که عقلانی نباشد، دین را هم تباه می‌کند یا آن را داروی خواب میکند و یا شوکران مرگ.