پارادوکس مارکسیسم اسلامی در مجموعه «کتابخانه تشد الهیات سیاسی تراژدی پروتستانتیسم اسلامی است. در جلد اول این کتابخانه به بازخوانی متون، آثار و آرای پروتستانتیست های مسلمان با تمرکز بر مذهب شیعه پرداختیم و نشان دادیم که چگونه اندیشه احیاگری به اصلاح طلبی و اصلاح طلبی به بنیادگرایی ختم شد. گفتیم که در نزاع سنت گرایی و تجددخواهی، جریان سومی پدیدار شد که از بازگشت خشونت آمیز به سنت دفاع می گرد و گرچه داعیه اصلاح داشت اما در دام ارتجاع افتاد. اما «پروتستانتيســـــم اسلامی» پس از این سرنوشت تراژیک وارد مرحله ای تازه از حرکت سیاسی و فکری خود شد. پروتستان های مسلمان که ماهیتی محافظه کارانه داشتند و از ایده: بازگشت دفاع می گردند، در گذار از اندیشه به عمل دریافتند که نیازمند سلاح هستند و به قول محمد حنیف نژاد، از قرآن، سلاح بیرون نمی آمد (گرچه صلاح و اصلاح بر می آید)؛ بدین ترتیب مرز میان مارکس و لوتر را برداشتند و از پروتستانتیسم به مارکسیسم عبور کردند.
پیشگفتار